全國人大常委會會議20日結束，隨即決定28日再次舉行一連三日開會，一般預料表決通過「港區國安法」的機會很高。全國人大法工委負責人在上次會議中就「港區國安法」草案作的說明，經新華社公開後，在香港社會引發熱議，一向反對立法的反對派和大律師公會提出多項疑問，聚焦於特首任命法官審理有關國安的案件，以及「港區國安法」會否凌駕基本法，損害香港居民應有的基本權益和自由的問題。
有關特首任命法官的安排，見草案說明的第五點的第(4)項：香港特別行政區行政長官應當從現任或者符合資格的前任裁判官、區域法院法官、高等法院原訟法庭法官、上訴法庭法官以及終審法院法官中指定若干名法官，也可以從暫委或者特委法官中指定法官，負責處理危害國家安全犯罪案件。
大律師公會副主席葉巧琦批評，由行政長官指派法官負責處理國安案件，對香港的司法獨立破壞相當大，等同是「人治」。她稱，法官只會按法律原則審理案件，沒有理由由司法機構以外的某一個人，指定某一個法官才能審理某一類案件，破壞一直以來，行之有效的由終審法院首席法官，根據法律才能指派法官的制度。
葉巧琦的批評其實並不成立，根據基本法第88條，香港特別行政區法院的法官，根據當地法官和法律界及其他方面知名人士組成的獨立委員會推薦，由行政長官任命。因此，香港的所有的法官的任命，都源自行政長官的任命，為甚麼「港區國安法」規定的，由行政長官指定若干名法官負責處理國安案件，就會破壞原有制度呢？而且，法官的任命從來不是只由法律界自己包辦，負責推薦法官的獨立委員會，還包括法律界以外的社會知名人士。
其次，特首指定處理國安案件的法官，寫明必須是現任或前任符合資格的各級法官，既然是合資格的法官，他們在處理案件時，必然會依據法律原則審理案件，司法獨立的原則，就是要讓法官能確實依據法律作出審判。大律師公會對此提出質疑，是否不信任這些合資格的法官？因此，這一安排並非如葉巧琦所說的，會破壞香港的司法獨立，以及司法體系的運作。
「港區國安法」草案說明中明確表明，香港特區設立維護國家安全委員會，負責特區維護國安事務，承擔維護國家安全主要責任，並接受中央政府的監督和問責。而特區的國安委由行政長官擔任主席，終審法院首席法官並非委員會成員。由此看來，行政長官要對特區的國安事務負責，而由行政長官負責指派法官審理相關案件，也是順理成章，合情合理。
另一個焦點問題是，法工委的草案說明中提及，附則中規定：香港特別行政區本地法律與本法不一致的，適用於本法規定；本法的解釋權屬於全國人大常委會。民主黨立法會議員涂謹申據此認為，國安法將成為凌駕性的法律，會凌駕基本法以及國際人權公約的條文，令香港市民的合法權益和自由受損。
涂謹申的這種說法同樣不成立，只從字面上看，人大法工委的說明說的是香港特區本地法律與「港區國安法」不一致的，適用於「港區國安法」的規定。這裏的本地法律並不包括基本法，實際上，基本法是全國性的法律，而「港區國安法」的制定，也是依據憲法和基本法的有關規定，並且依基本法第18條規定，列入附件三，因此不存在凌駕基本法的問題。同時，作為全國人大常委會制定的全國性法律，列入基本法附件三在香港實施，本身已成為基本法的一個組成部分，在香港本地法律中，具有凌駕於本地法律的地位，也是正常不過的。
而「港區國安法」會否因此而令香港市民原本受基本法和國際公約保障的自由和權益受到影響呢？答案也是肯定不會的，法工委的草案說法第（二）點第(1)項明確說明：香港特區維護國家安全應當尊重和保障人權，依法保護香港特區居民根據香港特區基本法和《公民權利和政治權利國際公約》《約濟、社會與文化權利的國際公約》適用於香港的有關規定享有的包括言論、新聞、出版的自由，結社、集會、遊行、示威的自由在內的權利和自由。
這一點是「港區國安法」的重要法治原則，不知道為甚麼，涂謹申為何有意地忽略了這一段重要原則？
事實上，從法工委的草案說明可見，中央在制定「港區國安法」時，充分尊重了「一國兩制」下，基本法規定的香港特區的各項權力，保障香港居民的合法權益和自由。香港特區仍然是維護特區國安的主體，負有主要責任。大律師公會和涂謹申的批評，片面和偏頗，有誤導市民大眾之實。
