台灣今次大選亦包括改選立法機關全部113個議席，原本在「立法院」擁有過半64議席的民進黨，大選後失去13個席位，只得51個議席，而國民黨就由原來的38席大幅進帳至52席，比民進黨多1席，成為最大黨，而民眾黨就由原本的5個席位增至8個。
雖然「立法院」內三黨都不過半數席位（57席），但若連同無黨派的苗栗立委陳超明和無黨派的山地原住民立委高金素梅，藍營將達到54席，成為最大黨，而循黨派比例票進身立法院的國民黨籍前高雄市長韓國瑜，將篤定成為「立法院長」。國民黨主席朱立倫表示，雖然無法在領導人選舉取得勝利，但重新成為立法院第一大黨，是民眾對於國民黨的重大付託，未來所有的立委一定會發揮最強的專業、最大的戰力監督執政當局。
賴清德表示，面對新的立法院結構，台灣要走向溝通、協商、參與及合作的政治，會深入研議兩名對手的主張，只要有利台灣及民眾，符合台灣發展需要，都會納入施政方針；未來施政，各黨派有共識的議題，會優先處理，未有共識及未有急迫性的，會擱置爭議繼續溝通並進行全民諮詢。
而民眾黨的柯文哲就指，「立法院」三黨鼎立的全新局面，已成功向世界證明「台灣不是只有藍綠」，台灣需要新的聲音，新的方向。
