美國國務院聲稱得到新資料，指稱於2019年秋天，武漢病毒研究所有人員生病，病徵類似感染新型冠狀病毒，但就沒有公布相關資料和證據支持說法。
美國國務院聲稱，比對從未公開的新資料和公開資訊，有理由相信於2019年秋天，即是發現首宗確診個案之前，武漢病毒研究所數名研究人員出現類似感染新冠病毒的病徵；又指研究所至少由2016年起，已經研究一種於蝙蝠身上發現與新冠病毒超過96%相似的病毒，更指控研究所秘密從事軍事研究。
美國政府是在世衛組織十多名專家抵達湖北武漢，將就新型冠狀病毒展開溯源調查工作之際，再度指病毒可能源自武漢病毒研究所，目的是要令世衛在病毒源頭問題繼續向中方施壓。
美國國務院及國務卿蓬佩奧分別發聲明，提出3點指控，指華府有理由相信研究所內多名研究員，早於2019年秋天已不適，病徵與新型冠狀病毒及一般季節性流感一致，令人質疑研究所研究員石正麗曾公開指研究所內人員「零感染」的可信性。
聲明又指，武漢病毒研究所自2016年開始，已對一種來自蝙蝠的冠狀病毒(RaTG13)進行研究，這種病毒與新冠病毒的相似度達96.2%；又指武漢病毒研究所雖然自稱是民間機構，但華府認定研究所與中國軍方有秘密合作項目，包括進行動物實驗等機密研究。
中方曾多次表示，疫情可能是全球多地同時爆發；又指病毒有機會是從外國的冷藏包裝傳入中國。
