台灣民眾黨主席柯文哲捲入司法風暴，包括假帳爭議、台北市長任內涉京華城改建案、北投士林科技園區地上權設定案等。台北地檢署偵辦京華城案並查出陳情過程涉賄，周二(27日)拘提台北市議員應曉薇，周四(29日)對應曉薇、威京集團主席沈慶京聲請羈押禁見。柯文哲周四宣布「請假3個月」，暫卸黨主席職務，接受中評會調查。他說：「我幾經思考，我還是向黨請假3個月，自動申請調查，個人要好好反省，能否帶領台灣民眾黨。」
威京集團旗下京華城曾經是全台灣最大的購物中心，多年來向台北市政府申請提高地積比率但到被拒，到柯文哲出任市長期間，地積比率獲批倍增至8.4倍，當中包括20%的地積比率獎勵，受到外界質疑。 台北檢方今年5月分案偵辦，已將柯文哲等人列為貪污被告。調查發現，京華城與應曉薇間疑有賄賂情況，另發現她周二晚欲搭飛機前往香港，檢察官緊急指揮廉政署將她拘提到案。廉政署周三(28日)兵分48路搜索威京集團、台北市議會及沈、應等人住所，並約談6名被告及12名證人，京華城董事長陳玉坤、應曉薇辦公室執行長王尊侃及助理陳佳敏獲准交保，助理吳順民遭聲押禁見。
檢廉人員周五(30日)早上分別抵達柯文哲住所，以及位於台玻大樓的辦公室，因尚未上班時間，大門深鎖，在場的民眾黨立委黃珊珊連忙聯絡人來開門；眾黨副秘書長許甫到場開門後，與黃珊珊陪同檢廉人員一起進入柯文哲辦公室。
搜索過程，檢廉人員一度前往該大樓三樓民眾黨辦公室，因正在裝潢，僅確認沒人後就下樓進入前往柯文哲辦公室搜。而從辦公室外可以看到，檢廉人員在柯文哲辦公室搜查的身影，經過近2個小時搜索，檢廉人員帶走一大箱資料跟兩台電腦離去，未對案情及搜索情況說明。
民眾黨表示，該黨無從獲知對中央黨部等地進行搜索之理由與必要性，惟仍配合調查。民眾黨支持司法依證據公正辦案，呼籲檢調遵從偵查不公開原則，勿引導外界未審先判、侵害柯文哲之名譽，該黨靜待調查還原真相，並全力支持柯文哲捍衞清白。
柯文哲周三與前立委蔡壁如、前秘書長謝立功與周台竹等幕僚開會，民眾黨周四召開「政治獻金外界疑義 一次澄清記者會」。針對政治獻金虛報質疑，時任競選總幹事的黃珊珊表示，經過兩周查對後，分為支出漏報210筆、近1,624萬元(新台幣，下同，約396萬港元)，以及支出短報130筆、約313.5萬元(約76.5萬港元)，共計1,937.5萬元(約472.5萬港元)。她強調，這些支出都用在選務，有實際支出，這些憑證不需要虛報，核查確認金額相近、並無貪瀆情況，將向監察院補正，撤銷虛報金額。
柯文哲在會上鞠躬道歉，並宣布請假靜待該黨中評會調查。他表示，他必須為這些風波負最大責任，因個人思慮不周，賠掉了財政紀律，也讓大家失去對他跟民眾黨的信任，要反省自己到底還能不能帶領這個黨、能不能給支持者願景和繼續前進的力量。若中評會作出停止柯文哲職務甚至開除黨籍處分，民眾黨將失去唯一領袖，謝立功承認目前沒人能接班。
