港府深夜發出新聞稿，清楚指明有三種情況，駐港國安公署將就《港區國安法》規定的犯罪案件行使管轄權。新聞稿又指出，律政司專門的國家安全犯罪檢控部門負責國家安全犯罪案件的檢控工作，任何人未經律政司司長書面同意，不得就國家安全犯罪案件提出檢控。
《港區國安法》規定香港特別行政區設立由行政長官擔任主席的「香港特別行政區維護國家安全委員會」（港區國安委），負責維護國家安全事務，承擔維護國家安全主要責任，並受中央人民政府監督和問責。港區國安委成員包括：政務司司長、財政司司長、律政司司長、保安局局長、警務處處長、按《港區國安法》第十六條規定的警務處維護國家安全部門負責人、入境事務處處長、海關關長和行政長官辦公室主任。下設秘書處，由秘書長領導。秘書長由行政長官提名，中央人民政府任命。
港區國安委的職責為分析研判香港特區維護國家安全形勢，規劃有關工作、制定政策、推進法律制度和執行機制建設及協調重點工作和重大行動。港區國安委的工作不受干涉，工作信息不予公開，作出的決定不受司法覆核。
港區國安委設國家安全事務顧問，由中央人民政府指派，國家安全事務顧問列席港區國安委會議，就相關事務提供意見。
特區政府警務處和律政司作為主要執行部門，設立專門處理維護國家安全事務部門。有關維護國家安全的開支和所涉及的人員編制，經行政長官批准後，由財政司司長從政府一般收入撥出，不受現行法律規定的限制。財政司司長須每年就款項控制和管理向立法會提交報告。
就《港區國安法》規定的犯罪案件，除特定情形外，香港特別行政區行使管轄權，包括立案偵查、檢控、審判和刑的執行等訴訟程序，依照的是《港區國安法》和香港特區本地法律。
警務處維護國家安全部門辦理國家安全犯罪案件時，可採取特區現行法律准予警方調查嚴重犯罪案件的各種措施以及其他《港區國安法》規定措施，包括對有合理理由懷疑涉及危害國家安全犯罪的人由行政長官批准的截取通訊和秘密監察、搜查處所、要求有關組織或個人回答問題、提供資料、移除訊息等。港區國安委在《港區國安法》下，獲授權為採取上述措施制定相關實施細則。
律政司專門的國家安全犯罪檢控部門負責國家安全犯罪案件的檢控工作；任何人未經律政司司長書面同意，不得就國家安全犯罪案件提出檢控。律政司司長可基於保護國家秘密等理由，發出證書指示相關訴訟毋須在有陪審團的情況下進行審理；若原訟法庭在沒有陪審團的情況下進行審理，則應由三名法官組成審判庭。
各級法院指定法官負責審理危害國家安全犯罪案件，除涉及國家秘密外，審判應當公開進行，判決結果應當一律公開宣布。「指定法官」是由行政長官經諮詢港區國安委和終審法院首席法官後，從各級法院法官中作出指定。
特定情形是指經特區政府或中央駐香港特別行政區維護國家安全公署（駐港國安公署）提出，並報中央人民政府批准的以下三種情形之一：
（一）案件涉及外國或者境外勢力介入的複雜情況，香港特區管轄確有困難；
（二）出現香港特區政府無法有效執行《港區國安法》的嚴重情況；
（三）出現國家安全面臨重大現實威脅的情況。
在上述情形下，駐港國安公署將就《港區國安法》規定的犯罪案件行使管轄權。
