因應近期新型冠狀病毒疫情，水務署採取審慎措施，將出廠食水中的餘氯含量，由每公升1毫克提升至約每公升1.2毫克，以加強保障食水在輸送和儲存過程中保持清潔衞生。而廣東省水利廳表示，從事東深供水工程管理的全部員工健康狀態正常，對香港、深圳和東莞的供水保持正常穩定，新型冠狀病毒疫情未對三地供水水質和水量造成任何影響。
發展局長黃偉綸在網誌表示，將出廠食水的餘氯含量提升後，仍遠低於世衞建議等於或低於每公升5毫克的《飲用水水質準則》指引值，適合安全飲用。為確保食水水質，黃偉綸指大廈業主及物業管理人員必須對樓宇內部供水系統進行適當的保養，並定期清洗儲水箱。
他指出政府準備在未來5年動用4.4億元，資助合資格業主及物業管理公司實施「建築物水安全計劃」，包括實施緩解措施，改善樓宇的供水系統，稍後會提供補貼計劃的詳情。
而廣東省水利廳就指出，廣東粵港供水有限公司亦已制定方案，規定所有工作人員要量體溫和消毒後，方可進入工作單位，調度中心調度員分兩組，互不接觸；原水泵站運行人員的主班和備班人員，要盡量分開居住。公司亦加密水質監測次數，在取水口和主要供水口每小時進行一次水質觀測，自上23日以來，水質化驗檢測一切正常。
