近年不少香港人移居台灣，但屢有阻滯，據台灣行政院資料，顯示台灣近兩年處理至少逾70宗港人申請居留及定居的行政申訴，全部被行政院駁回。申訴書指，台灣移民署會同陸委會以「國家安全」相關理由拒絕港人申請，包括質疑其現任或曾任公立醫院、大學、國泰航空或美心集團等，有「危害國家利益、公共安全之虞」，亦有於內地出的港人被拒。陸委會回覆查詢稱，據了解未能通過審查的港人「比例極低」，非因「國安」單一因素，多是欠缺營運實績、所繳單據不符規定等，強調會逐一檢視個案。
2019年反修例風波後，港人移台人數大幅增加。台灣政府於2020年修訂港澳居民入台辦法，申請人要經移民署會同台灣國安局及陸委會跨部門審查；對於內地出生之港澳居民，修例前台方如拒絕申請，要證明申請人未在內地以外連續住滿4年，但現行法例只需證明「原為大陸地區人民」即可拒絕。台灣多名監察委員上周表示稱，曾接獲多名港人陳情申請到台被拒，指定居門檻上升及準則不明等。
根據今日的《明報》報道，據台灣行政院處理港人申請個案的「訴願決定」顯示，如申請人在香港醫管局、金管局或大學等接受港府公帑資助的機構工作，內政部會考慮，將員工視為「公職人員」或「難以排除與港府關聯」，並有「危害國家利益、公共安全、公共秩序或從事恐怖活動之虞」，拒絕他們於台居留或定居。文件反映，有多名香港公立醫院前任或現任員工申請被拒，有申請人質疑修例前曾有公院護士獲准留台，質疑準則不一，又有申請被拒的衛生署護士解釋，宣誓效忠特區不是出於自願。台灣內政部移民署解釋，因應港府按國安法要求公務員宣誓，故審查亦要回應香港政治體制變化。
另外，部分香港企業員工亦因類似原因被拒定居。例如，一名曾任職美心、國泰及醫管局的文員申請被拒，台方認為國泰股東包括中國國航及特區政府，又不點名說美心「太子女」曾支持香港警方，並批評反修例運動，難排除「與大陸地區之關聯」。有至少兩名電盈員工則因電盈獲國企持股，被視作內地黨政或政治性質機構港澳投資，被拒在台定居。
在台灣擔任訪問學者的中大前副教授陳健民認為，台灣與香港對公營機構理解有落差，法律制度也容許行政當局有較大行事空間，致港人不知所措，可能以為遊戲規則是投資移民住滿一年可定居，卻被質疑投資額不足等。他認為增加審查的根本問題，是台灣對移民看法較保守，執政黨亦礙於深綠與避免加劇兩岸對立，特別是面對內地威脅，不希望公開說明移民政策。
