壹傳媒後期接連捲入違契使用將軍澳工業邨用地案、以及本案，包括老闆黎智英等公司多名管理層被捕或被警方邀請協助調查。陳沛敏作供透露，她在《蘋果》停刊前一星期被捕，獲保釋後隨即向公司請辭，當時公司卻混亂得無人批核其請辭，「連咩人可以批我張form（申請表），佢哋都唔知道可以點處理。」
2020年8月10日，黎智英、營運總裁兼財務總裁周達權等壹傳媒高層被捕，指控他們涉嫌違反地契，於未經香港科技園公司批准下，在將軍澳工業邨廠房經營不同業務的公司而以欺詐方式獲利。
陳沛敏憶述，當時會計部同事曾經「好徬徨」，憂慮如果管理層都不獲保釋，便連簽支票批稿費也無人處理。因為這個原因，只屬編採人員的陳沛敏等人，竟因此要走馬上任成為董事，「咁如果到時有咩事，都會有人簽支票」。
繼黎智英於2020年12月起還押後，陳沛敏於2021年6月17日與張劍虹、總編輯羅偉光同日被捕，張、羅被落案起訴及還押，於翌日暫獲警方保釋的陳沛敏成為當時《蘋果》的「最高層」。她於2021年6月20日雖然聲言「報紙今日會如常出街」，但其實她當日已口頭上向時任壹傳媒董事會主席葉一堅請辭，包括《蘋果日報》公司董事職位。然而，由於當時公司過於混亂，結果她的辭職申請直至24日《蘋果》停刊當日仍未生效。
