中央公布港區國安法草案的主要內容之中，包括中央將會在港設立駐港維護國家安全公署，負責判香港的國安形勢，監督和指導香港維護國家安全工作，並可對極少數危害國家安全犯罪案件行使管轄權，香港亦會設立維護國家安全委員會，由行政長官任主席，並由特首指定法官負責處理案件。
港區國安法內規定，在現時三個駐港機構之外，會再增加一個「駐港維護國家安全公署」，職責包括研判香港的國安形勢，就國家安全戰略和政策提出意見和建議，也會監督及指導特區履行職責，收集分析國家安全情報信息，而公署要遵守香港法律，也會與香港的執法及司法機關建立協作機制，加強信息共享和行動配合。
駐港維護國家安全公署和國家有關機關在特定情形下，對極少數的案件可以行使管轄權，亦是中央全面管治權的重要體現。
除特定情形外，香港犯罪案件行使管轄權，草案沒有禁止外籍法官審理國安法案件，但規定由特首從現任或符合資格的前任裁判官、區域法院法官、高等法院原訟庭、上訴庭及終審法院法官中，指定若干名法官負責審理。
港區國安法草案亦規定，香港特別行政區設立維護國家安全委員會，接受中央人民政府監督及問責。
委員會由特首擔任主席，除了三名司長，還包括保安局局長、警務處處長、入境事務處處長、海關關長及特首辦主任。委員會中包括國家安全事務顧問，人選由中央人民政府指派，會就特區履行職責事務提供諮詢意見。
草案又規定警務處要設立維護國家安全的部門，配備執法力量，這個部門的負責人都是國家安全委員會的成員。律政司則要設立專門的國家安全犯罪案件檢控部門，負責檢控工作。
法工委的說明提到，港區國安法應當尊重和保障人權，依法保障香港居民享有言論、新聞、結社、集會自由，任何人未經司法機關判罪，之前均假定無罪，不得就同一行為再予審訊或者懲罰。
