日本星期五（30日）起限制香港載客航班的機場使用，只能夠在成田、羽田、關西和名古屋中部四個機場降落，而且不可增加由香港前往日本機場的航班。對此，港府已去信日本當局，並向日本駐港總領事館表達了強烈的關注，嚴正要求日本當局撤回有關決定，同時亦召開緊急視像會議與日本當局代表見面，以及與受影響的本地航空公司保持緊密溝通。據了解，星期五起至下月底，有近250班離港航班受到影響，當中涉及約6萬名乘客。
在新規定下，載客航班仍然可由日本各機場載客飛返香港，不限於上述四個機場。運輸及物流局經已敦促本地航空公司，妥善安排受影響的乘客從日本返港，並在星期五起安排若干航班，在4個指定機場以外的機場接載港人返港。針對受影響的旅行團，旅行社將與航空公司協調安排機位，並向受影響旅客提供替代安排，包括安排其他機位、調整行程、轉團或退款等。政府表示，香港居民如在日本遇事需要協助，可致電入境事務處「協助在外香港居民小組」24小時熱線求助。
運輸及物流局局長林世雄對日方做法感到非常失望，他指日本限制香港載客航班只能使用當地4個指定機場，以及不准增加由香港前往日本機場的航班，是單方面和倉卒的決定，港府一直跟進事件，爭取日方撤回決定或是盡量收窄影響範圍，若有進一步消息，將盡快對外公布。林世雄又指，日本當局僅表示基於防疫考慮，作出今次決定，但無再作詳細解釋，對此他不揣測日方背後的原因，提到在日港人仍可使用其他機場的航班回港，相信航空公司能夠應付需求。
