香港穆斯林以遜尼派為主，但與中東地區不同，無論是什葉派還是遜尼派，在香港都能融洽共處，不會出現兩派敵對的局面。香港回教信託基金會總會主席庫馬．門哈斯（Oamar Minhas）指出：「香港可能是世界上唯一地方，讓遜尼和什葉派穆斯林可以肩並肩，在同一座清真寺內進行禮拜。」
在先知穆罕默德離世後，當時穆斯林對誰人真正有權繼承「接班人」地位上有分歧，繼而分裂為遜尼派及什葉派兩大派別。兩派想法各異，偶有爭鬥，甚至迫害。實際操作上，遜尼派穆斯林每天禮拜5次，而什葉派穆斯林則祈禱3次，分別在早晨、中午、日落。
香港穆斯林一般都禮拜5次，包括日出前的「晨禮」、正午之後的「晌禮」、下午時的「晡禮」、日落時的「昏禮」及晚上的「宵禮」。另外，穆斯林會於每個周五進行聚禮「主痲」。穆斯林每年舉行兩大節日會禮，包括「開齋節」會禮及「宰牲節」會禮。
目前本港有六間官方認證的清真寺，包括中環些利街清真寺、灣仔愛群清真寺、赤柱清真寺、柴灣清真寺、九龍清真寺及油麻地易卜拉欣清真寺，其中灣仔愛群清真寺及九龍清真寺的規模最大。
