近日到日本訪問的台灣民眾黨主席兼「總統」參選人柯文哲，周二(6日)接受日媒訪問時提到有主權爭議的釣魚島，他指一般台灣人不是想要那塊土地，而是希望可以在那裏捕魚。言論結果引發藍綠兩大陣營共同抨擊，認為柯國際常識嚴重不足、不做功課、輕蔑主權。其中國民黨「總統」參選人侯友宜在社交平台發文批評這是「本末倒置」，指不要土地只要捕魚，就像只要孩子不要母親，邏輯不通。柯文哲今日(9日)再回應時指，主權問題一時間沒辦法解決，「那是要漁民等到的主權解決才能去捕魚，意思是這樣嗎」。
柯文哲早前到日本智庫「國際問題研究所」交流，會後接受傳媒訪問時被問到釣魚島議題，他稱先解決民生問題，有爭議的後面處理，又指他去蘇澳漁港時，漁民就抱怨現在捕魚受到很多限制，被驅趕或被罰錢，所以要先解決民生問題，不要為了一直爭主權，讓台灣漁民不能捕魚，這更嚴重。
國民黨團總召曾銘宗直言，不管誰當選台灣總統，釣魚島都是中華民國領土，這是擔任總統最基本的要求。侯友宜競選工作室則強調，釣魚島屬中華民國領土是事實，台灣領導人應拚全力捍衞，堅持主權，沒有任何退讓空間，有領土才有領海及經濟海域，才能讓台灣漁民自由與安全地捕魚。
另外，柯文哲向日媒指出，中國大陸對台灣提出的對話條件，要求台灣承認雙方曾確認過的九二共識，即台灣與大陸同屬「一個中國」，問題在於北京無提供九二共識的清晰定義，若他當選台灣「總統」，會向陸方問清楚，但目前無計劃訪陸。他又指，在擔任台北市長時，他沒有接受大陸提出的共識，而大陸接受他主張的「兩岸一家親」並進一步對話。
