新的選舉制度之下，5個俗稱超級區議會的功能組別議席被取消。李慧琼由2012年首屆設立超級區議會議席起，一連兩屆連任超級區議會議席，在新的選舉制度之下，她將由哪個跑道繼續參選？引人注目。
社會上現時出現兩種不同的意見，一種意見認為，作為民建聯的主席，李慧琼應參與地區直選，才能顯出民意支持；但另一種意見卻認為，在新的選舉制度之下，選委會代表的是香港整體利益，李慧琼應循選委會當選為立法會議員，才更有代表性。
李慧琼在接受訪問時表示，這兩種意見她都聽到，但身為黨主席，她自己如何參選，以致於民建聯的整體參選部署，都不是單純的個人決定，必須由民建聯的執委會作決定。
她透露，個人更願意參與直選，不過最後如何決定，須尊重民建聯執委會的決定。
