美國運輸部要求總部設在香港的國泰航空，須於7日內提交所有在美國營運航班的資料﹐並警告可能會限制香港的航空公司在美國營運航班，明言是回應香港收緊對機組人員的檢疫安排。香港運房局則稱，港府絕不同意美國的指摘，並會與對方的運輸部溝通，表明立場及理據。
美國運輸部指，港府新的檢疫安排，即要求駐港機組人員執行空勤服務後，必須強制隔離檢疫14日或21日，影響了美國聯邦快遞﹙FedEx﹚的業務，為FedEx帶來龐大的營運成本，但港府同時容許國泰貨機機組人員，在停留美國阿拉斯加安克拉治﹙Anchorage﹚時以封閉方式運作，從而只須接受醫學監察而不用隔離檢疫，是令香港航空公司受益，損害美國航空公司的營運權利。
美國運輸部發出的命令指，當局須審視國泰等航空公司以的航班記綠，審視有否違反法律，或對公眾利益構成不利影響。
據了解，另外兩間以香港為基地的香港航空和香港快運都在命令範圍，但兩間公司都沒有往來美國的航班。香港運輸及房屋局回應事件時表示，「特區政府絕不同意有關的指責，並會與美國的運輸部溝通，表明立場及理據」，並稱安排與特區政府嚴防輸入個案的整體抗疫政策目標一致。運房局又指，政府一直有與美國方面緊密溝通，且一直有、並會繼續與聯邦快遞商談，探討不同的選項。
聯邦快遞表示，希望命令有助解決事件，並確認正與美國和香港當局合作。國泰航空則表示新檢疫措施實施嚴重影響公司營運，往返港美的貨機班次，已由每週35至39班減少到21至28班。國泰強調，新檢疫隔離措施對其他沒有駐港機組人員的海外航空公司沒有影響。
