偷渡12人被拘捕後，社會上流傳許多謠言和各種猜測，意圖誤導公眾，其中，有涉案人士的家屬曾經在記者會上指出，12人是前往釣魚，並非偷渡；此外，也有人刻意抹黑警方，指警方有意將12人送交內地執法機關，掩飾12人偷渡的事實；但事實上，警方事後又再拘捕9人，涉嫌協助12人偷渡前往台灣，揭穿了這些不實的說法。
聲稱是被捕者之一鄭子豪的父親，在9月12日舉行的12港人家屬記者會上報稱，當日兒子離家，手持魚杆表明到南丫島釣魚，不相信兒子會到內地。但根據警方資料，鄭子豪是在西貢上船，在果洲群島附近被捕，而非鄭父所指的南丫島。
家屬稱南丫島海釣被「賣豬仔」
一些反對派政客及少數黃絲報章引述鄭子豪的父親，指香港警方早已掌握其子的WhatsApp通話記錄，質疑與內地當局串謀，將12名港人「賣豬仔」給內地執法機關。
警方事後嚴正澄清，指該家屬8月報案稱與出海釣魚的兒子失去聯絡，在報案期間他向警員提供其子的電話號碼，警員在他的同意和見證下，即場以手提電話輸入其子的電話號碼，查看其子的WhatsApp最後上綫時間和動態更新以作出初步調查，警方從未掌握當事人通話記錄。警方續指，內地執法部門正依法處理案件，有關執法行動與警方無關。
謠傳港警早知悉配合內地執法
又有報章指，隸屬保安局的飛行服務隊一架定翼機在12港人被截當天的清晨出動，由早上4時30分起在西貢布袋澳上空盤旋達3小時，至7時半飛往東南面海域，時間、地點與12港人被截脗合，因此質疑港府早已知悉12港人潛逃和配合中國海警執法。
特首林鄭月娥10月6日回應上述指控，指不幸地有小部分人不放過任何機會抹黑香港政府、攻擊警方，以及揑造不同事情，不會評論行動細節，只會重申，正如警方所說，在這宗案件是沒有角色，接下來的扣押、調查以及之後很可能會有的檢控，會根據中華人民共和國的法律進行。
前立法會議員朱凱廸及涂謹申指，懷疑中國海警跨境執法，到本港水域拘捕12港人。因應公眾關注，水警指揮及控制中心曾檢視8月23日上午的航行監察系統記錄，未有發現任何內地海警船進入或停留本港水域，當天上午亦未有接獲任何上述報告或市民求助。
警查出偷渡費數萬至十多萬
10月10日，香港警方在多區拘捕9名男女，涉嫌協助該12名逃犯偷渡。警方表示，被捕9人涉嫌在8月23日企圖協助12名逃犯偷渡到台灣，他們涉嫌協助逃犯罪，協助他人逃避法庭審訊，或逃避阻礙警方的合法拘捕。
被捕的4男5女中，有證據顯示個別人士曾涉及修例風波被捕。9人年齡介乎27到72歲，職業分別為文員、廚師、音樂教師等，當中有人曾任議員助理。被捕9人在案中各有分工，有船主、提供資金的角色，其他角色包括在偷渡前安排住宿、駕車帶逃犯到碼頭，以及協助逃犯到台灣後的生活等。
行動中，警方檢獲50多萬港元現金，以及電腦、手提電話、船隻交易單據等。根據警方掌握的資料，偷渡費由數萬至十多萬港元不等。
香港警方的拘捕，再次證實12人的偷渡事實，揭穿許多相關的謠言，隨着偷渡12人案在深圳開庭審訊，以及香港警方的進一步調查，相信會有更多真相公諸社會。
七封手寫家書 稱羈押期間「食好瞓好」
「12港人關注組」11月19日在fb專頁透露，有7名家屬收到羈押在深圳鹽田看守所的家人的信件，並公開了其中4封信。這4封信都是手寫書信，向他們的家人報平安，並稱在鹽田看守所內的生活有保障，吃得飽，味道也不錯，睡眠充足，每日有醫生檢查，讓他們的家人放心。
其中，鄭子豪在信中寫道：「我身體現在也很健康，每日三餐都吃得很飽，味道也很不錯。睡覺都很充足，每天可以睡九個小時左右，每日其他時間主要就是看下書學習，做運動，跟其他室友談天，晚上看電視等。我這邊室友都很好人，十分照顧我，我現在說普通話進步了很多，一般對話沒有什麼問題，所以日子過得很充實，時間也過得很快。」
鄧棨然寫給母親和弟弟的信中說：「我在這裏安好，食得好，休息也好，哮喘皮膚病也未有發作過一次，這兒的看守也很友善，每天作息，吃也定時。」
另一封沒有公開落款，寫給其爸媽的信中寫道：「放心啦我係度過得OK，每日三餐有菜有肉食得飽，夠衫着，唔會病，同埋每日都有醫生黎檢查，所以唔會有問題。」
另一封被遮住姓名，寫給其爸媽的信中說道：「我係呢度無比人洽（欺侮），無比人打，同倉嘅人都好融洽，食好瞓好哦，好快返黎架喇，千其唔好太擔心我！」
